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PyDESeq2 是 DESeq2 的 Python 实现，用于使用批量 RNA-seq 数据进行差异表达分析。设计和执行从数据加载到结果解释的完整工作流程，包括单因素和多因素设计、具有多重测试校正的 Wald 测试、可选的 apeGLM 收缩以及与 pandas 和 AnnData 的集成。
PubMed 是美国国家医学图书馆的综合数据库，提供免费访问 MEDLINE 和生命科学文献。使用布尔运算符、MeSH 术语和字段标签构建高级查询，通过 E-utilities API 以编程方式访问数据，以进行系统评价和文献分析。
PubChem 是世界上最大的免费化学数据库，包含 1.1 亿多种化合物和 2.7 亿多种生物活性。按名称、CID 或 SMILES 查询化学结构，检索分子属性，执行相似性和子结构搜索，使用 PUG-REST API 和 PubChemPy 访问生物活性数据。
这项技能可以使用 Paper2All 自主管道将学术论文转换为多种推广和演示格式。该系统将研究论文（LaTeX 或 PDF）转换为三个主要输出：
开放靶标平台是一个综合资源，用于系统识别和优先排序潜在的治疗药物靶标。它集成了公开可用的数据集，包括人类遗传学、组学、文献和化学数据，以建立目标疾病关联并对其进行评分。
OMERO 是一个用于管理、可视化和分析显微镜图像和元数据的开源平台。通过 Python API 访问图像、检索数据集、分析像素、管理 ROI 和注释，以实现高内容筛选和显微镜工作流程。
掌握 ERC-721 和 ERC-1155 NFT 标准、元数据最佳实践和高级 NFT 功能。
Molfeat 是一个用于分子特征化的综合 Python 库，它统一了 100 多个预先训练的嵌入和手工制作的特征器。将化学结构（SMILES 字符串或 RDKit 分子）转换为机器学习任务的数值表示，包括 QSAR 建模、虚拟筛选、相似性搜索和深度学习应用。具有快速并行处理、scikit-learn 兼容变压器和内置缓存。
代谢组学工作台是一个由 NIH 共同基金资助的综合平台，托管在 UCSD，作为代谢组学研究数据的主要存储库。它提供了对 4,200 多项经过处理的研究（3,790 多项公开可用）的编程访问、通过 RefMet 标准化代谢物命名法以及跨多个分析平台（GC-MS、LC-MS、NMR）的强大搜索功能。
按照严格的学术方法进行系统、全面的文献综述。搜索多个文献数据库，按主题综合研究结果，验证所有引用的准确性，并生成 Markdown 和 PDF 格式的专业输出文档。
Latch 是一个 Python 框架，用于将生物信息学工作流程构建和部署为无服务器管道。基于 Flyte 构建，使用 @workflow/@task 装饰器创建工作流，使用 LatchFile/LatchDir 管理云数据，配置资源并集成 Nextflow/Snakemake 管道。
掌握 LangChain 框架，通过代理、链、内存和工具集成构建复杂的 LLM 应用程序。
LabArchives 是一个用于研究文档和数据管理的电子实验室笔记本平台。访问笔记本、管理条目和附件、生成报告以及通过 REST API 以编程方式与第三方工具集成。
有关创建、组织和管理 Helm 图表以打包和部署 Kubernetes 应用程序的综合指南。
GWAS 目录是由国家人类基因组研究所 (NHGRI) 和欧洲生物信息学研究所 (EBI) 维护的已发表的全基因组关联研究的综合存储库。该目录包含来自数千份 GWAS 出版物的精选 SNP 性状关联，包括遗传变异、相关性状和疾病、p 值、效应大小以及许多研究的完整摘要统计数据。
使用 ArgoCD 和 Flux 实施 GitOps 工作流程以实现自动化 Kubernetes 部署的完整指南。
FlowIO 是一个轻量级 Python 库，用于读写流式细胞术标准 (FCS) 文件。解析 FCS 元数据、提取事件数据并创建具有最小依赖性的新 FCS 文件。该库支持 FCS 版本 2.0、3.0 和 3.1，使其成为后端服务、数据管道和基本细胞计数文件操作的理想选择。
通过 openFDA 访问全面的 FDA 监管数据，openFDA 是 FDA 为公共数据集提供开放 API 的举措。使用具有标准化接口的Python查询有关药品、医疗器械、食品、动物/兽医产品和物质的信息。
加载计划，严格审查，分批执行任务，报告批间审查。
DrugBank 是一个综合性生物信息学和化学信息学数据库，包含药物和药物靶点的详细信息。该技能支持以编程方式访问 DrugBank 数据，包括约 9,591 个药物条目（2,037 个 FDA 批准的小分子、241 种生物技术药物、96 种营养保健品和 6,000 多种实验化合物），每个条目有 200 多个数据字段。
