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ZINC 是一个可免费访问的存储库,包含 UCSF 维护的 2.3 亿多个可购买化合物。通过 ZINC ID 或 SMILES 进行搜索,执行相似性搜索,下载 3D 就绪结构进行对接,发现用于虚拟筛选和药物发现的类似物。
PubMed 是美国国家医学图书馆的综合数据库,提供免费访问 MEDLINE 和生命科学文献。使用布尔运算符、MeSH 术语和字段标签构建高级查询,通过 E-utilities API 以编程方式访问数据,以进行系统评价和文献分析。
PubChem 是世界上最大的免费化学数据库,包含 1.1 亿多种化合物和 2.7 亿多种生物活性。按名称、CID 或 SMILES 查询化学结构,检索分子属性,执行相似性和子结构搜索,使用 PUG-REST API 和 PubChemPy 访问生物活性数据。
RCSB PDB 是生物大分子 3D 结构数据的全球存储库。搜索结构、检索坐标和元数据,在 200,000 多个实验确定的结构和计算模型中执行序列和结构相似性搜索。
代谢组学工作台是一个由 NIH 共同基金资助的综合平台,托管在 UCSD,作为代谢组学研究数据的主要存储库。它提供了对 4,200 多项经过处理的研究(3,790 多项公开可用)的编程访问、通过 RefMet 标准化代谢物命名法以及跨多个分析平台(GC-MS、LC-MS、NMR)的强大搜索功能。
人类代谢组数据库 (HMDB) 是一个全面、免费的资源,包含有关人体内发现的小分子代谢物的详细信息。
GWAS 目录是由国家人类基因组研究所 (NHGRI) 和欧洲生物信息学研究所 (EBI) 维护的已发表的全基因组关联研究的综合存储库。该目录包含来自数千份 GWAS 出版物的精选 SNP 性状关联,包括遗传变异、相关性状和疾病、p 值、效应大小以及许多研究的完整摘要统计数据。
通过 openFDA 访问全面的 FDA 监管数据,openFDA 是 FDA 为公共数据集提供开放 API 的举措。使用具有标准化接口的Python查询有关药品、医疗器械、食品、动物/兽医产品和物质的信息。
访问和查询 Ensembl 基因组数据库,这是由 EMBL-EBI 维护的脊椎动物基因组数据的综合资源。该数据库提供 250 多个物种的基因注释、序列、变异、监管信息和比较基因组学数据。当前版本为 115(2025 年 9 月)。
DrugBank 是一个综合性生物信息学和化学信息学数据库,包含药物和药物靶点的详细信息。该技能支持以编程方式访问 DrugBank 数据,包括约 9,591 个药物条目(2,037 个 FDA 批准的小分子、241 种生物技术药物、96 种营养保健品和 6,000 多种实验化合物),每个条目有 200 多个数据字段。
ClinPGx(临床药物基因组学数据库)是临床药物基因组学信息的综合资源,是 PharmGKB 的继承者。它整合了 PharmGKB、CPIC 和 PharmCAT 的数据,提供有关遗传变异如何影响药物反应的精选信息。获取基因药物对、临床指南、等位基因功能和药物标签,以实现精准医学应用。
ChEMBL 是由欧洲生物信息学研究所 (EBI) 维护的手动管理的生物活性分子数据库,包含超过 200 万种化合物、1900 万个生物活性测量值、13,000 多个药物靶点以及已批准药物和临床候选药物的数据。使用 ChEMBL Python 客户端以编程方式访问和查询这些数据,以进行药物发现和药物化学研究。
这项技能提供了基于 Python 的高效工具,用于从 bioRxiv 数据库中搜索和检索预印本。它支持按关键字、作者、日期范围和类别进行全面搜索,返回结构化 JSON 元数据,包括标题、摘要、DOI 和引文信息。该技能还支持 PDF 下载以进行全文分析。
AlphaFold DB 是一个公共存储库,包含超过 2 亿个蛋白质的 AI 预测 3D 蛋白质结构,由 DeepMind 和 EMBL-EBI 维护。使用置信度指标访问结构预测、下载坐标文件、检索批量数据集并将预测集成到计算工作流程中。
构建直接连接到 SpacetimeDB 模块的实时 TypeScript 客户端。该 SDK 为 Web 应用程序、Node.js、Deno、Bun 和其他 JavaScript 运行时提供类型安全的数据库访问、自动同步和反应式更新。
针对本地 Supabase 实例运行 splinter.sql,评估每个建议,确定哪些建议现在值得解决,并为这些选定的项目提出可行的计划。
目标:设计可扩展、安全且高性能的数据库模式和查询,专门针对 Supabase/PostgreSQL 环境进行了优化。
学会思考,而不是复制 SQL 模式。